@伊藤さん、
キャッシュの組み合わせ問題には、頭を悩ませますよネ。ウチのサイトの場合も、W3TC はパフォーマンスが落ちました。
ページ系キャッシュの場合、キャッシュがヒットしなかった時(新規にキャッシュを構築する時、期限切れキャッシュを再構築する時)に余計に時間がかかるので、DB系やMO系のキャッシュで補うというのはアリかと思います。その意味でお話を読む限りでは、伊藤さんのサイトは、元々平均的に高速化されていたので、よりシンプルな方が良いかも知れませんネ。
ウチのサイトでも色々試しましたが、結局現在は、シンプル is ベストで運用しています。
また私も mu-plugins には5、6本分の枯れたプラグインを叩き込んでいますが、高速化にどれぐらい効くのか…未計測です。
何はともあれ、問題点のご指摘、動作のご確認、ありがとうございました!